Medical Laboratory science
Permanent URI for this collection
Browse
Recent Submissions
- ItemIdentification of immunoreactive COVID-19 epitopes based on M13 phage display library(Al-Quds University, 2022-08-22) Tamer Shabana; تامر ابراهيم عيسى شبانهمقدمة: ظهر فايروس كورونا المستجد في اواخر العالم 2019 حتى يومنا هذا,حيث يعتبر علامة فارقة في تاريخ البشرية الإنسانية, وقد سبب الفايروس العديد من الازمات في العالم وإغلاق كامل مناحي الحياة في كل العالم هذا وقد سبب العديد من الاصابات وحصد الأرواح, حيث اعتبرت منظمة الصحة العالمية هذا الفايروس على انه وباء ويجب على كل دولة في العالم تطبيق الخطط والبروتوكولات الخاصة بها لتفادي اكبر قدر ممكن من الاصابات.يسبب فايروس كورونا المستجد التهاب رئوي حاد سرعان ما يتطور ويسبب حالات تخثر الدم وجلطات تؤدي الى الوفاة وفي خضم ذلك تعتمد الاستجابة ضد الفايروس على مناعة المصاب ومدى تفاعل جهاز المناعة مع الفايروس,تشكل الامصال والاجسام المضادة مركز اهتمام في هذه الدراسة حيث تم اخذ امصال مرضى مصابين في فايروس كورونا من مستشفيات وزارة الصحة الفلسطينية وتم تحديد من خلال تقنية المكتبة الخاصة بفيروس الفاج M13 ماهية وترتيب البروتينات الخاصة بفايروس كورونا المستجد لدى المرضى. طرق البحث: تقنية المكتبة الخاصة بفيروس الفاج M13 ساهمت وبشكل كبير في اكتشاف السطح الخاص بفايروس كورونا المستجد لدى المرضى وذلك بعد المرور بالعديد من الخطوات التأكيدية لوجود الاجسام المضادة في امصال المرضى حيث تم الاستعانة بتقنية الاليزا النقطية والفحوصات المصلية, وبعد ان تم التأكد من وجود الامصال, كان لا بد من وضع الامصال مع المكتبة الخاصة بفيروس الفاج M13 المتواجد داخل بكتيريا خاصة لمضاعفته, بعد ذلك ظهرت نتائج الارتباط مع الامصال وبينت ماهية وترتيب البروتينات على سطح فايروس كورونا المستجد. النتائج: اظهرت النتائج الاولية تكرار احماض امينية في جميع الفاج M13 بكميات كبيرة,تم اخذ هذا الترتيب وترجمته الى بروتين بإستخدام ادوات علمية موثوقة حيث اظهر في نهاية ذلك ان هذا الترتيب من الاحماض الامينة يُظهر ويشير الى نوعين من البروتينات الموجودة على سطح الفايروس المستجد ما يثير الاهتمام ايضاً انه تم تكرار هذا الترتيب بكميات لا يمكن تجاهلها وقد تشكل النسبة الاكبر من البروتينات على سطح فايروس كورونا المتواجد لدى المرضى في فلسطين. الاستنتاج: تُشكل الدراسة للبروتينات لدى مرضى مصابين في البلاد امراً مهماً لمعرفة ماهية وطبيعة الفايروس لمعرفة كيف يمكن للفايروس ان يهاجم جسم المرضى, تكرار الاحماض الامينية بتقنية فايروس الفاج M13 اظهرت نتائج مقبولة علمياً قد تتطور لتُعطي فحصاً خاصاً يكشف عن وجود الفايروس داخل البلاد.
- ItemGenotyping of Human Erythrocyte Antigens for Safe Blood Transfusion in Thalassemia Patients(Al-Quds University, 2022-05-23) Dorgam Muffed Ibraheem Yasin; ضرغام مفيد ابراهيم ياسينManagement of β-thalassemia is a major challenge, especially in low resource countries. Blood transfusion is the mainstay treatment of patients with β-thalassemia major. However, blood transfusion is associated with several side effects including hemolytic and allergic reactions, iron overload, and transfusion-transmitted diseases. In this study, we assessed the biochemical, hematological, and hormonal parameters, estimated the prevalence of complications, studied the frequency of red blood cell alloimmunization and autoimmunization, and determined the genotype frequencies of blood group systems among transfusion-dependent β-thalassemia patients in the West Bank. Methods This study was conducted using 100 frequently transfused thalassemia patients. The patients were recruited through Thalassemia Daycare Units in five governmental hospitals patients with the highest transfusion frequency were selected for this study. A questionnaire was used to collect data regarding the basic characteristics of the patients. In addition, medical records were used to collect data regarding the complications of thalassemia among the patients. Blood samples were collected from the patients to measure biochemical, hematological, and hormonal parameters, in addition to screening and identification of antibodies and for DNA extraction. DNA samples were genotyped for Rhesus, Kell, Duffy, Kidd, MNS, Dombrock, Colton, Cartwright (Yt), Lutheran, Knops, Deigo, and Vel blood groups. Genotyping for blood groups was performed by sequence-specific primers (SSP)-PCR method. Results A total of 100 patients were included, 51% were males. The mean age among the patients was 21.9±10.9 years. The majority of the patients (60%) were recruited from Al Watani Hospital. The mean pre-transfusion hemoglobin level was found to be 7.89±0.99 g/dL and the mean serum ferritin level was 3670.42±3742.71 ng/dL. The results of liver function tests showed that 32%, 42%, and 34% had elevated ALT, ALP, and AST levels, respectively. Regarding the hormonal results,10% of the patients had subclinical hypothyroidism. The prevalence of growth hormone deficiency was 8%. Also, 8% of the patients had hypocalcemia and 70% had vitamin D deficiency. Elevated glucose levels were found among 15% of the patients. The most encountered complications were arthropathy (44%), hypogonadism (16%), and hepatic failure and delayed growth (7%). The genotyping results of the RHD blood group showed that 88% of the patients were RHD-positive whereas 7% were RHD-negative and 5% had no clear results. The allele frequencies of RHCE alleles were 0.440 and 0.560 for RHCE*C and RHCE*c, respectively, and 0.165 and 0.835 for RHCE*E and RHCE*e, respectively. Unexpectedly, for the Duffy blood group system, the null genotype (FY*02N.01/02N.01) was observed in 46% of the patients and the allele frequencies of FY*01 and FY*02 were 0.195 and 0.345, respectively. Furthermore, the allele frequencies of GYPA*M and GYPA*N were 0.585 and 0.405, respectively, and those of GYPB*S and GYPB*s were 0.275 and 0.725, respectively. The KEL*02, KEL*04, and KEL*07 allele frequencies were high among the patients in this study (0.920, 0.985, and 0.980, respectively). Furthermore, the allele frequencies of YT*A, LU*02, CO*01, KN*01, DI*B, DI*02.04, and VEL*01 were 0.940, 0.990, 0.990, 1.000, 0.980, 1.000, and 0.990. In addition, 2% of the patients had the Vel*01/-0.1 (Vel/Velnull) genotype. The rate of alloimmunization among patients was 8% and the most common antibodies were anti-E, anti-K and anti-D, and anti-C, respectively. The rate of autoimmunization was 5%. Conclusions The management of thalassemia should be based on internationally established guidelines. Understanding the frequencies of the major blood group systems other than the ABO and Rh systems is essential to provide accurate information regarding the local population’s requirements, reduce transfusion-related complications among frequently transfused patients, and facilitate the challenging task of providing antigen-negative blood for patients with multiple antibodies. Phenotyping of patients’ RBCs could have prevented the development of alloantibodies against Rh antigens C, E, and K. Furthermore, accurate testing for weak RhD among donors could also prevent alloimmunization against RhD antigens. The genotype and the allele frequencies observed among the sample of this study revealed several interesting findings that prompt further research. Keywords Alloimmunization, red cell genotyping, iron overload, beta-thalassemia, frequently transfused
- ItemDetection of Extended-Spectrum Beta-Lactamases (ESBL) production in Pseudomonas aeruginosa from various clinical samples.(Al-Quds University, 2022-04-16) Dana Naim Jabra Sam'an; دانا نعيم جبرا سمعانخلفية الدراسة: يعتبر إنتاج انزيماتالبيتا لاكتاميز آلية المقاومة البكتيرية الأكثر شيوعًا في العديد منأجناس عائلة البكتيريا المعوية. يتم ترميز هذه الإنزيمات بواسطة الجينات المحمولة على الكروموسومات أو الجينات الموجودة على العناصر المتحركة. إن الإبلاغ عن بكتيريا الزائفة الزنجاريةالمنتجة لانزيمات ESBL متزايد مؤخرًا والتي يتم إكتسابها إما من المستشفيات أو من المجتمعات. هدف الدراسة: كان الهدف الأساسي من هذه الدراسة هو الكشف عن انتشار بكتيريا الزائفة الزنجارية المنتجة لانزيمات ESBL المعزولة من العينات السريرية المختلفة المأخوذة من المستشفيات الفلسطينية في منطقة الضفة الغربية. تم عمل ذلك باستخدام اختبار تآزر القرص المزدوج المظهر ويليه تفاعل البلمرة المتسلسلالمتعدد. منهجية البحث: تم جمع 163 عزلة بكتيرية من خمسة مستشفيات في الضفة الغربية، فلسطين وتشمل مستشفى جمعية بيت لحم العربية للتأهيل/ بيت جالا، ومستشفى بيت جالا الحكومي/ بيت جالا، ومستشفى الاستشاري العربي/ رام الله، والمستشفى الأهلي/ الخليل، ومستشفى المقاصد/ القدس. تم تعريف العزلات البكتيرية على أنها بكتيريا الزائفة الزنجارية بالاعتماد على شكل المستعمرة و باستخدام الاختبارات التأكيدية البيوكيميائية. تم تطبيق اختبار تآزر القرص المزدوج للكشف عن العزلات المنتجة لانزيمات ESBL. إضافة الى ذلكتم فحص انتاج AmpCفي العزلات وتلاه عمل تفاعل البلمرة المتسلسل لاكتشاف وجود الجيناتblaCTX-M، و blaSHV، وblaTEM. النتائج: من 163 عزلة التي تم الحصول عليها، أُقيمت الدراسة على 131عزلة من بكتيريا الزائفة الزنجارية حيث تم إجراء إختبار تآزر القرص المزدوج ومن ثم تم فحصها لانتاج AmpCوعمل تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد. عند استخدام اختبار تآزر القرص المزدوج، لم تُظهر أي من العزلات فرقاً بمقدار ≥ 5 مم بين القطر الناتج من cefotaxime/clavulanic acidوذلك الناتج منcefotaximeوحده. مع ذلك، تم تحديد جميع العزلات على أنها منتجة لAmpC باستخدام الفحص الكاشف عنه. عندما تم استخدام تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد، ستة وستون عزلة (50.38%) كانت تؤوي جيناً واحداً على الأقل من ESBL. جين blaCTX-M كان الأكثر شيوعاً بين العزلات سواء منتج بمفرده (59.1%) أو بالاشتراك مع الجين blaSHV (37.88%). blaTEM كان الأقل اكتشافاً؛ لم يتواجد لوحده في أي من العزلات ولكن فقط في عزلة واحدة مع جين blaSHV. ومع ذلك، لم يكن هناك تواجد للثلاث جينات مجتمعة في عزلة واحدة. عزلات بكتيريا الزائفة الزنجارية المنتجة لانزيمات ESBL المأخوذة من المرضى المقيمين كانت أكثر من تلك المأخوذة من مرضى العيادات الخارجية. إضافة إلى ذلك، العزلات من أقسام الجراحة وعينات البلغم كانت تحتل الغالبية العظمى. الكوليستين، والأميكاسين، والجينتامايسين كانت العلاجات الأكثر فعالية ضد عزلات بكتيرياالزائفة الزنجارية المنتجة لانزيمات ESBL حيث أن 100% ، 91.9% و 89.18% من العزلات المنتجة لانزيمات ESBLأظهرت حساسيتها لهذه االمضادات الحيوية على التوالي. الخلاصة: توحي نتائج الدراسة بوضوح أن معدل بكتيرياالزائفة الزنجارية المنتجة لانزيمات ESBLفي تزايد ويعتبر سبب مهم للعدوى المرتبطة بالرعاية الصحية. لم يتم الكشف عن أي من العزلات بواسطة اختبار تآزر القرص المزدوج وقد يكون السبب هو انتاج انزيم البيتا لاكتاميز AmpCمن قبل جميع العزلات المُختبرة والذي قد يعيق أو حتى يُخفي الكشف عن انزيماتESBL باستخدام طرق النمط الظاهرية وهكذا يجب تضمين اكتشافAmpCفي اختبار الحساسية الروتيني للمضادات الحيوية لبكتيريا الزائفة الزنجارية. اما تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد فلقد نجح في الكشف عن جينات ESBLالمستهدفة. الكلمات الدالة: بكتيريا الزائفة الزنجارية المنتجة لانزيمات ESBL، اختبار تآزر القرص المزدوج، تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد، blaCTX-M، blaSHV، blaTEM، جينAmpC، الكوليستين، والأميكاسين، والجينتامايسين.
- ItemCloning and Expression of SARS CoV-2 Surface Protein and its Use in Serological Tests(Al-Quds University, 2022-05-28) Hana Ghalib Sabri Alkhatib; هناء غالب صبري الخطيبمقدمة: يعتبر فايروس كورونا المسبب الرئيسي لمرض التنفس الحاد كورونا 2019، الذي غزا العالم في غضون اشهر قليلة، وسبب عدد اصابات و وفيات عالي جدا، و أثر على العالم اجمع بشكل سلبي. الفحوصات المصلية مهمة جدا لتشخيص المرضى المصابين بهذا المرض، والحاملين له من غير أي أعراض بهدف الكشف عنهم و الحد من انتشار المرض بشكل أوسع، بالاضافة لعمل فحوصات تبين قوة و نوع المناعة التي يحفزها جسم الانسان لمحاربة هذا النوع من الفايروسات، و عليه الهدف الاساسي من هذه الدراسة هو تطوير الفحص المناعي المرتبط بالانزيم (الاليزا) للكشف عن وجود أجسام مضادة الناتجة عن الأصابة بفايروس كورونا 2019 المسبب لهذا المرض. طرق البحث: تم تصميم وتأسيس اختبار مصلي بطريقة الاليزا للكشف عن الأجسام المضادة ضد فايروس كورونا 2019 وذلك من خلال استنساخ جين البروتين الخارجي المدبب للفايروس واضافته للمادة الوراثية الخاصة في البكتيريا بهدف ترجم الجين الى لبروتين و الحصول عليه واستخدامه في الكشف عن الاجسام المضادة في الاليزا المطورة، بحيث تم فحص المناعة الجسدية لكل من مرضى مصابين حاليا او سابقا او حاصلين على تطعيم الكورونا. النتائج: أظهرت نتائج الفحص المطوّر لقياس المناعة حساسيّة الكشف عن الأجسام المضادّة بتراكيز منخفضة دليل على نجاح الفحص المناعي المطوّر من خلال استنساخ البروتين الشوكي لفايروس كورونا 2019 ، بالاضافة الى التمييز بين نسختين مختلفتين من البروتين الشوكي حسب القطع الجينيّة المستنسخة، بحيث تبين أن المستنسخ رقم 8 يعطي حساسية أكبر وأفضل من مستنسخ رقم 105 في الكشف عن المناعة ضد الفايروس. الاستنتاج: كان لدى الفحص المطوّر حساسية عالية وقدرة على تحديد كميّة و نوعيّة للأجسام المضادّة لفايروس كورونا 2019 بتراكيز منخفضة ويعتبر هذا الاختبار طريقة لقياس مناعة السكّان ويمكن استخدامه لاجراء دراسات وبائيّة مستقبلية.
- ItemComparison between cultivation and 16s RNA sequencing based- approaches analysis for bacteria in urine and cerebrospinal fluid.(Al-Quds University, 2022-05-28) Amal Eissa Khader Abuhilal; امل عيسى خضر ابوهلال. يعتبر اختيار الطريقة الامثل والاكثر دقة وحساسية في الكشف عن البكتيريا من أهم التحديات في علم الاحياء الدقيقة ، وخصوصا في حالات الطوارئ والامراض المنتشرة والمعدية . يتم في مختبرات المستشفيات جمع عينات (كالدم وسوائل الجسم) من المرضى وفي هذه الدراسة تم التركيز على عينات البول و عينات سائل النخاع الشوكي ، وتعتبر من اهم العينات التي تساعد في الكشف عن حالة المرضى ،لا سيما عندما تكون الاعراض غير واضحة لدى الاطباء وخاصة عند الاطفال وكبار السن ، لان اغلب الطرق تفشل في تحديد مسبب المرض . تمثل الاصابة بمرض التهاب السحايا البكتيري ، من الامراض التي تهدد حياة الانسان ويمكن ان تؤدي الى الوفاة او حصول مضاعفات تؤثر على حياة الانسان ، ولذلك يجب اختيار طريقة لتشخيص هذه البكتيريا باسرع وقت وتحديد العلاج المناسب لها. فحص زراعة البكتيريا يعتبر من الطرق التقليدية للكشف عن البكتيريا ، ويمتلك العديد من التحديات كطريقة جمع العينات ،حجم العينة، الوقت المستهلك لزراعة العينة وظهور النتائج ومقاومة بعض السلالات البكتيرية للمضادات الحيوية بالاضافة الى السلالات التي لا يمكن زراعتها في المختبر. ان الهدف الرئيس لهذه الدراسة هو ايجاد طرق تشخيصية جديدة ذات دقة وحساسية عالية للكشف عن العدوى البكتيرية في عينات البول وسائل النخاع الشوكي ومقارنتها بالطرق التقليدية. تم مقارنة طريقة زراعة البكتيريا التقليدية (الكلاسيكية ) مع تقنية( ن جي اس ) والتي تعتمد على الجيل التالي من تحديد الحمض النووي للكشف عن معظم الخلايا البكتيرية في العينات المجموعة. إن تقنية الجيل القادم من تحديد تسلسل الحمض النووي (NGS) ، هي تقنية جديدة نسبيا تسمح بتحديد شامل لتسلسل الحمض النووي وتمكن من انتاج مجموعة من المعلومات الوراثية من الكائنات الحية بشكل متوازي وتوفر قياسا كميا مفصلا لكل جزء من اجزاء DNA المتسلسلة ، حيث تم استخدام بادئات ترتبط على هذه التسلسلات لزيادة اعداد مقاطع الجينات) ( 16S rRNAلانواع البكتيرية. تمت هذه الدراسة، بعد جمع 50 عينة بول (30 عينة ايجابية الاصابة بالبكتيريا، 15 عينة لا نمو كبيرعليها و 5 عينة سلبية الاصابة بالبكتيريا) و 14 عينة من سائل النخاع الشوكي)4عينات ايجابية الاصابة بالبكتيريا و 10 عينات سلبية الاصابة بالبكتيريا) من مختبر الأحياء الدقيقة في مستشفى المقاصد - القدس - فلسطين. تم جمع نتائج الزراعة البكتيرية من نفس مختبر مستشفى المقاصد . وقد تم استخراج عينة من الحمض النووي( DNA)في مختبرات جامعة القدس، وبعد ذلك تم تحليل تسلسل الحمض النووي (DNA ) بموائمة احدى الطرق المستخدمة ضمن استراتيجيات شركة Illumina MiSeqلتحليل الحمض النووي DNA . تم إجراء ما مجموعه 64 عينة تم تجميعها وفق الجيل التالي (NGS). لاحقا تم الحصول على البيانات كملفات FASTQ ثم تم تحويلها الى ملفات FASTA ثم تم تحليلها وفقا للتصنيف البكتيري للجنس والأنواع، حيث يستند الى طول التسلسل . تمكنا في هذه الدراسة ، اولا : من تحديد أنواع البكتيريا المسببة لالتهاب المسالك البولية لدى الانسان ، الموجودة في عينات البول وأهم الأنواع التي تم تحديدها وهي : Escherichia coli, Pseudomonas, Klebsiella, Lactobacillus, Enterobacter, streptococcus Group B, Acinetobacter, Staphylococcus, Rickettsia and Gardnerella. هذه الأنواع موجودة كبكتيريا مسببة للأمراض في المسالك البولية لدى الانسان، والأكثر وفرة وأهمية هي أنواعEscherichia coliالتي تسبب التهاب المسالك البولية، حيث ظهرت هذه البكتيريا في كلا الطريقتين الحديثة والتقليدية. ثانيا : اهم الانواع التي تم الكشف عنها في عينات سائل النخاع الشوكي (CSF) ، وهي : Pseudomonas, Enterobacter, Escherichia, Staphylococcus and Lactobacillus. تعتبرStaphylococcus haemolyticus من اكثر انواع البكتيريا وفرة في عينات سائل النخاع الشوكي التي تم جمعها والتي تتسب بحدوث اللاتهابات في الجهاز العصبي . وايضا ظهرت هذه البكتيريا في كلتا الطريقتين. وفي الختام ، تعتبر NGSطريقة سريعة وحساسة جدا وطريقة خاصة نستطيع من خلالها الكشف عن انواع البكتيريا التي يصعب كشفها بالطرق التلقليدية : كالبكتيريا بطيئة النمو و الانتهازية و يمكنها الكشف عن خلايا البكتيرية قليلة التركيز في العينات حيث تصل دقتها للكشف عن خلية واحدة في العينة.