Biochemistry & Molecular Biology
Permanent URI for this collection
Browse
Recent Submissions
- ItemMolecular Identification and Characterization of Amoeba Species from Different Geographical Regions in The West- Bank, Palestine(جامعة القدس, 2022-11-27) مالك محمد عوض شريف; Malek Mohammad Awad ShareefABSTRACT Amoebiasis is one of the most ten common intestinal parasitic diseases worldwide, with Entamoeba histolytica infecting around 500 million people causing 100,000 deaths each year. In Palestine, amoebiasis is reported to be a major health problem, it is routinely diagnosed using microscopy by identification of cysts and trophozoites in fresh stool samples. However, this diagnostic method may result in overestimating the patient numbers infected with E. histolytica, and leads to mistreatment of the nonpathogenic species of Amoeba (E. dispar and E. moshkovskii) that are morphologically indistinguishable from the pathogenic species. In this study we investigated the molecular epidemiology of Amoeba species among Palestinian population in different regions of the West Bank. In addition, we determined the sociodemographic and socioeconomic factors associated with Amoeba infection among patients. A total of 100 stool samples were collected from patients who have been presented to Palestinian Ministry of Health (PMOH) clinics and private labs, patients came with symptoms of intestinal infections (abdominal pain, diarrhea and / or dysentery). Sociodemographic data was collected using questionnaire for patients who were diagnosed with Amoeba infection. The samples were initially analyzed by direct wet mount microscopy and then by PCR with specific primers for detection of E. histolytica, E. dispar, and E. moshkovskii. The PCR results confirmed the diagnosis of E. histolytica in 74 samples, and E. dispar in 29 samples. Mixed infection of both E. histolytica and E. dispar was identified in 7 samples. In a comparison between microscopy and PCR methods for the identification of E. histolytica and E. dispar, 96 positive fecal samples were yielded by PCR while 100 positive samples diagnosed microscopically. Furthermore, PCR confirmed of 74% positive samples diagnosed microscopically are also positive for E. histolytica. The demographic data showed a significant correlation between E. histolytica infection and patient’s age and educational level; where the highest infection rates were found among school and preschool children. Our study highlights the need for additional representative large population-based molecular studies on the distribution and epidemiology of the diseases in Palestine. Further studies on the environmental and behavioral factors of patients should be performed on larger scale to determine the risk factors associated with amoebiasis infection in Palestine. يعدٌّ داء الأميبا أحد أكثر ألامراض الطفيلية والمعوية شيوعًا وانتشاراً في العالم، حيث تصيب الأميبا من نوع المتحولة الحالة للنُسج "Entamoeba histolytica" حوالي 500 مليون شخص حول العالم مسببةً ما يقارب 100,000 حالة وفاة كل عام. وفقاً لإحصائياتٍ أجرتها وزارة الصحة الفلسطينية فإن داء الأميبا يمثل مشكلة صحية كبيرة واسعة الانتشار بين السكان الفلسطينيين في الضفة الغربية وقطاع غزة. يتم تشخيص هذا المرض بشكلٍ روتيني باستخدام الفحص المجهري لفحص وجود الشكل الهاجع "الكيسات" والشكل النشيط "الأتاريف" في عينات البراز الحديثة الإخراج من المريض باستخدام المجهر الضوئي. في معظم الأحيان تؤدي طريقة التشخيص الروتيني باستخدام المجهر إلى زيادةٍ غير دقيقة في تشخيص المصابين بالأميبا المتحولة المسببة للمرض من نوع المتحولة الحالّة للنُسج “E. histolytica”. في هذه الدراسة، قمنا بفحص عينات براز لمرضى يعتقد أنهم مصابون بداء الأميبا من السكان الفلسطينيين المقيمين في تسع مناطق مختلفة من الضفة الغربية وهي الخليل، بيت لحم، نابلس، رام الله، جنين، طولكرم، سلفيت، اريحا والعيزرية باستخدام تقنيات البيولوجيا الجزيئية "PCR". إضافةً إلى ذلك، قمنا بتحديد العوامل الاجتماعية والديموغرافية والاقتصادية المرتبطة بالإصابة بداء الأميبا. بالمجمل، تم جمع 100 عينة براز من المرضى الذين قاموا بمراجعة عيادات وزارة الصحة والمختبرات الخاصة، والذين عانوا أعراض التهابات معوية تشمل الإسهال، ألم تشنجي أو مغص في البطن، الهزال، والحمى. علاوةً على ذلك، قمنا بجمع معلومات ديموغرافية خاصة بالمرضى لأهداف الدراسة باستخدام استبيان تم تعبئته من المعلومات التي قدمها المرضى المشمولين في الدراسة بشكل مباشر. بدايةً، تم فحص العينات باستخدام الفحص المجهري المباشر ثم بواسطة تقنية تفاعلات البلمرة المتسلسلة “PCR” لتحري المادة الوراثية للأميبا في البراز باستخدام مشرعات "Primers" محددة وموثقة للكشف عن الحمض النووي الخاص بالأميبا. أكدت نتائج تفاعلات البلمرة المتسلسلة تشخيص الأميبا من المتحولة الحالّة للنُسج. E. histolytica في 74 عينة والاميبا من نوع المتحولة المتغيرة E. dispar في 29 عينة. كذلك تم الكشف عن عينات تحتوي على نوعيّ الأميبا المذكورين سابقاً معاً في 7 عينات. بالمقارنة بين تقنية الفحص المجهري وتقنية تفاعلات البلمرة المتسلسلة لتشخيص الاميبا المسببة للمرض، أكدت تقنية PCRعلى أنّ 74٪ من العينات الإيجابية التي تم تشخيصها مجهريًا كانت إيجابية أيضًا باستخدام PCR. كما أظهرت البيانات الديموغرافية وجود ارتباط كبير بين العدوى بالأميبا من نوع E. histolytica والفئة العمرية للمريض والمستوى التعليمي له، حيث وجدت أعلى معدلات الإصابة بين أطفال المدارس ومرحلة ما قبل المدرسة. قامت دراستنا بتسليط الضوء على الحاجة الملحة لمزيدٍ من الدراسات باستخدام تقنيات البيولوجيا الجزيئية على عددٍ أكبر من العينات للحصول على صورة أكثر وضوحاُ حول انتشار وتوزيع داء الأميبا في فلسطين. كذلك توصي دراستنا بضرورة إجراء المزيد من الأبحاث حول العوامل البيئية والسلوكية للمصابين على نطاق أوسع لتحديد عوامل من المحتمل ان تكون مرتبطة بعوامل الخطر للإصابة بداء الأميبا في فلسطين
- ItemEstablishment of Vitamin D Reference Values in the Palestinian Society And Investigation of Cultural, Behavioral, and Socioeconomic Effects(Al-Quds University, 2022-08-21) Mohammed Ibrahim Issa Almahariq; محمد ابراهيم عيسى المحاريقتساهم هذه الدراسة في مناقشة و توثيق نسبة فيتامين د والعوامل المرتبطة به، ويعتبر التعرض لأشعة الشمس هو المصدر الرئيسي لإنتاجه، حيث يوفر التعرض لاشعة الشمس بشكل يومي وكافي ما يقارب ال 90% من التركيز الكلي في الجسم، بينما يعتبر تناول الأطعمة الغذائية ذو مساهمة قليلة و ثانوية في زيادة نسبة الفيتامين في الدم . في العقد الأخير، هناك زيادة واضحة في تناول المكملات الغذائية وعمل الفحوصات المخبرية الخاصة بقياس نسبة فيتامين د عالميا، ويعزى هذا الإزدياد لعدم وجود مستويات مرجعية واضحة وثابتة خاصة بتركيز فيتامن د في أمصال دم الأشخاص الأصحاء. حيث تبلغ نسبة التركيز الكافي الموصى بها عالميا ≥30 نانوغرام / مل (75 ≥نانومول/ لتر)، ولكن يعتبر المستوى الدال على نقص التركيز ≤ 20 نانوغرام/مل (≤ 50 نانومول/لتر)، بينما يعتبر التركيز ما بين 20 و 30 نانوغرام/مل كمية غير كافية من الفيتامين في الدم. تهدف هذه الدراسة المقطعية إلى تحديد المستوى الطبيعي لفيتامين د الخاص بسكان الضفة الغربية في دولة فلسطين، و تحديد الإعتبارات البيئية، والاجتماعية والاقتصادية والسلوك الشخصي ومدى تأثيرها على تركيز فيتامين د حيث تم دراسة 300 عينة من كلا الجنسين بالغين وذو صحة سليمة، و لايعانون من أي تاريخ مرضي خاص بالكلى و الكبد و سوء الإمتصاص في الأمعاء، و تتراوح أعمارالمشاركين بين 19 و 65 عام. حيث تم إختيار 123 ذكر و 177 أنثى بطريقة عشوائية من مدن وقرى ومخيمات الضفة الغربية. و كذلك تم إستخدام إستبانة خاصة مثبتة لجمع المعلومات الديمغرافية و العوامل الخطرة المتعلقة بفيتامين د حيث تم جمع عينة الدم و إستخلاص المصل لقياس نسبة التركيز بإستخدام جهاز chemiluminescence immunoassay analyzer (ARCHITECT i1000SR). حيث كانت النتائج تشير الى أن نسبة تركيز فيتامين د في الدم تساوي 13.4 نانوغرام / مل ، مع ملاحظة أن 92% من الأشخاص هم دون مستوى ال 30 نانوغرام / مل، و 79.3 % أقل من 20 نانوغرام / مل، في حين أن 61% من الأشخاص المشاركين كانت نسبهم أقل من 12 نانوغرام/مل . كما تبين أن الأشخاص ذوو الفئات العمرية الأصغر (18- 28عام) كانت لديهم نسبة تركيز فيتامين د أقل من الأشخاص في الفئات العمرية العليا مثل (29-40)،(41-50)،(51-65)عام. كما أوجدت الدراسة أنه لا يوجد إرتباط بين مستويات تركيز فيتامين د والجنس والسمنة وإستخدام كريم واقي الشمس و التعرض لأشعة الشمس و كذلك إرتداء الحجاب للنساء المشاركات في الدراسة. و بالإضافة لذلك فقد تم دراسة عادة تناول أنواع محددة من الوجبات الغذائية، و قد تبين أنه لا يوجد اختلاف في مستويات فيتامين د لدى الأشخاص الذين يتناولون وجبات غذائية تحتوي على كميات كافية من الجبنة و الزبادي و كذلك تناول كميات كافية من البيض والحليب والسمك والخبز من قبل الاشخاص المشاركين في الدراسة. في الخلاصة، ووفقًا لعدم وجود أدلة تربط بين أمراض جهاز الهيكل العظمي وغيره من الأجهزة الرئيسية في الجسم مع المستويات الموصى بها لتركيز فيتامين د (≥ 20 نانوغرام / مل ، أو 30≥ نانوغرام / مل) ، وفي ضوء دراستنا لتحديد المستوى المرجعي لفيتامين د لدى البالغين الأصحاء ، نوصي بالنظر إلى المستويات التي تقل عن 20 نانوغرام / مل وقريبة من 14 نانوغرام / مل كمستوى مرجعي لفيتامين د لعامة السكان في مجتمع الضفة الغربية. ومع ذلك ، فإن عينة دراستنا محدودة بعدد صغير من المشاركين ، وبالتالي هناك حاجة إلى مزيد من التحقيق والبحث للتوصل إلى استنتاجات أكثر شمولية فيما يتعلق بالمستويات المرجعية والعوامل ذات الصلة بهذا الفيتامين.
- ItemThe Influence of the Interaction and Allelic Location of the C957T and SNP19 Polymorphisms of the Dopamine Receptor-2 Gene on Feedback-Based Learning(Al-Quds University, 2020-06-10) Anfal Ahmad Saleh Abu-Hilal; أنفال أحمد صالح أبو هلالPeople vary in their cognitive performance. Multiple factors can perturb learning and forming associations. It has been shown that the neurotransmitter dopamine is an essential factor in modulating feedback-based learning. Dopamine exerts its effects via two families of postsynaptic receptors, type 1 and type 2. The release of dopamine is regulated by presynaptic dopamine type 2 receptors (DRD2). In this project, we pursued a multidisciplinary approach to examine the molecular and cognitive aspects of naturally-occurring variations in the dopamine system. We investigated feedback-based learning under the influence of two naturally occurring polymorphisms in the DRD2 gene, the C957T, which regulates binding affinity in postsynaptic DRD2 receptors; and SNP19, which modulates the number of presynaptic DRD2 autoreceptors. After using polymerase chain reaction (PCR), we utilized restriction fragment length polymorphism (RFLP) to identify the polymorphism variants. Further, we developed a PCR based technique to test whether the two polymorphisms are on the same allele or not. Our aim was two-fold: (1) to study the interaction between the C957T and SNP19 in modulating cognitive function, and (2) to investigate the cognitive effects of allelic location of C957T and SNP19 on cognitive performance. All heterozygotes for the two polymorphisms underwent amplification refractory mutation system (ARMS) PCR followed by ARMS to examine the allelic location of the two polymorphisms. We recruited a sample of 476 healthy undergraduate students at Al-Quds University, Palestine. All subjects completed a probabilistic categorical feedback-based learning task that differentiates learning from positive and negative feedback. Our results showed a gene dose effect, in which the T allele of C957T that is related to low expression of D2 postsynaptically is linked to the G allele of SNP19 that is related to high expression presynaptically. Also, we found that subjects with the lowest DRD2 postsynaptic affinity (CC-homozygotes for C957T) alongside the highest concentration of presynaptic DRD2 autoreceptors (GG- homozygotes for SNP-19) learned significantly better after receiving positive feedback or being in a potentially-positive state. These results are in line with previous findings that highlight the role of DRD2 in modulating tonic dopamine signaling. To our knowledge, this is the first project to examine the cognitive effects of the interaction of the C957T and SNP19 polymorphisms and their allelic locations. These results will further our understanding of the dopaminergic system and its regulation of cognition and involvement in a myriad of neurological and psychiatric disorders.
- ItemThe Role and Expression Pattern of TET1 in Breast Cancer(Al-quds university, 2019-12-18) Mahmoud Ali Mousa Al-Zahayqa; محمود علي موسى الزحايقةCancer is a genetic disease. Mutations and epigenetic alterations such as aberrant DNA methylation which results in altered gene expression is evident in all cancers studied, and is likely responsible for its major hallmarks. Methylation is maintained by DNA methyltransferases, however, methylation can be reversed by mechanisms that are poorly understood. Recently, functional demethylation was linked to hydroxylation of 5hmC by the TET family. TET1 is the most reduced member in a variety of human malignancies, suggesting a tumor suppressor function for this protein. In addition, published research showed controversial conclusions about TET1 function in breast cancer. Moreover, recent evidence showed that TET1 has more than one isoform. Thus, our hypothesis proposes the different TET1 isoforms may play different roles in breast cancer through differential expression pattern in different transformation contexts. In the present study, we tested the expression level and localization of TET1 enzyme in breast cancer samples using IHC, and the expression level using relative qRT-PCR in different breast cancer cell lines under different contexts. In addition, we tested the expression pattern of different TET1 isoforms using in vitro and in vivo cell transformation models. We also tested the effect of TET1 overexpression in MDA MB231 cells using lentivirus vector containing TET1 coding sequence on various cancer hallmarks. Our results demonstrate that TET1 has differential expression pattern in breast cancer embedded tissue samples compared to normal tissue. In addition, TET1 expression correlated with the differentiation level. From our hormone experiments, and in vitro as well as in vivo transformation studies, we clearly showed that different TET1 isoforms are differentially expressed under different physiological and transformation contexts, and different TET1 isoforms having different distribution pattern. Finally, we proved that TET1 full length is a tumor suppressor gene. In conclusion, our study demonstrates the role of TET1 in breast cancer is not straight forward one and this necessitates future studies to better characterize the TET1 function in breast cancer initiation and progression
- Itemالتفاعل بين جينات السيروتونين و الساعة البيولوجية و تواسطها في التفاعل بين الإكتئاب السريري و الأنماط الزمنية(AL-Quds University, 2019-08-05) عبد الرحمن صلاح جبر سوالمه; Abdelrahman Salah Jabr Sawalma; محمد حرزالله; Dr. Jürgen Dammers; فواز عواد; هشام درويش