Detection of Extended-Spectrum Beta-Lactamases (ESBL) production in Pseudomonas aeruginosa from various clinical samples.
| creativework.keywords | -Spectrum Beta,Lactamases (ESBL) , aeruginosa | en |
| dc.contributor.author | Dana Naim Jabra Sam'an | en |
| dc.contributor.author | دانا نعيم جبرا سمعان | ar |
| dc.date.accessioned | 2023-01-16T13:34:15Z | |
| dc.date.available | 2023-01-16T13:34:15Z | |
| dc.date.issued | 2022-04-16 | |
| dc.description.abstract | خلفية الدراسة: يعتبر إنتاج انزيماتالبيتا لاكتاميز آلية المقاومة البكتيرية الأكثر شيوعًا في العديد منأجناس عائلة البكتيريا المعوية. يتم ترميز هذه الإنزيمات بواسطة الجينات المحمولة على الكروموسومات أو الجينات الموجودة على العناصر المتحركة. إن الإبلاغ عن بكتيريا الزائفة الزنجاريةالمنتجة لانزيمات ESBL متزايد مؤخرًا والتي يتم إكتسابها إما من المستشفيات أو من المجتمعات. هدف الدراسة: كان الهدف الأساسي من هذه الدراسة هو الكشف عن انتشار بكتيريا الزائفة الزنجارية المنتجة لانزيمات ESBL المعزولة من العينات السريرية المختلفة المأخوذة من المستشفيات الفلسطينية في منطقة الضفة الغربية. تم عمل ذلك باستخدام اختبار تآزر القرص المزدوج المظهر ويليه تفاعل البلمرة المتسلسلالمتعدد. منهجية البحث: تم جمع 163 عزلة بكتيرية من خمسة مستشفيات في الضفة الغربية، فلسطين وتشمل مستشفى جمعية بيت لحم العربية للتأهيل/ بيت جالا، ومستشفى بيت جالا الحكومي/ بيت جالا، ومستشفى الاستشاري العربي/ رام الله، والمستشفى الأهلي/ الخليل، ومستشفى المقاصد/ القدس. تم تعريف العزلات البكتيرية على أنها بكتيريا الزائفة الزنجارية بالاعتماد على شكل المستعمرة و باستخدام الاختبارات التأكيدية البيوكيميائية. تم تطبيق اختبار تآزر القرص المزدوج للكشف عن العزلات المنتجة لانزيمات ESBL. إضافة الى ذلكتم فحص انتاج AmpCفي العزلات وتلاه عمل تفاعل البلمرة المتسلسل لاكتشاف وجود الجيناتblaCTX-M، و blaSHV، وblaTEM. النتائج: من 163 عزلة التي تم الحصول عليها، أُقيمت الدراسة على 131عزلة من بكتيريا الزائفة الزنجارية حيث تم إجراء إختبار تآزر القرص المزدوج ومن ثم تم فحصها لانتاج AmpCوعمل تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد. عند استخدام اختبار تآزر القرص المزدوج، لم تُظهر أي من العزلات فرقاً بمقدار ≥ 5 مم بين القطر الناتج من cefotaxime/clavulanic acidوذلك الناتج منcefotaximeوحده. مع ذلك، تم تحديد جميع العزلات على أنها منتجة لAmpC باستخدام الفحص الكاشف عنه. عندما تم استخدام تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد، ستة وستون عزلة (50.38%) كانت تؤوي جيناً واحداً على الأقل من ESBL. جين blaCTX-M كان الأكثر شيوعاً بين العزلات سواء منتج بمفرده (59.1%) أو بالاشتراك مع الجين blaSHV (37.88%). blaTEM كان الأقل اكتشافاً؛ لم يتواجد لوحده في أي من العزلات ولكن فقط في عزلة واحدة مع جين blaSHV. ومع ذلك، لم يكن هناك تواجد للثلاث جينات مجتمعة في عزلة واحدة. عزلات بكتيريا الزائفة الزنجارية المنتجة لانزيمات ESBL المأخوذة من المرضى المقيمين كانت أكثر من تلك المأخوذة من مرضى العيادات الخارجية. إضافة إلى ذلك، العزلات من أقسام الجراحة وعينات البلغم كانت تحتل الغالبية العظمى. الكوليستين، والأميكاسين، والجينتامايسين كانت العلاجات الأكثر فعالية ضد عزلات بكتيرياالزائفة الزنجارية المنتجة لانزيمات ESBL حيث أن 100% ، 91.9% و 89.18% من العزلات المنتجة لانزيمات ESBLأظهرت حساسيتها لهذه االمضادات الحيوية على التوالي. الخلاصة: توحي نتائج الدراسة بوضوح أن معدل بكتيرياالزائفة الزنجارية المنتجة لانزيمات ESBLفي تزايد ويعتبر سبب مهم للعدوى المرتبطة بالرعاية الصحية. لم يتم الكشف عن أي من العزلات بواسطة اختبار تآزر القرص المزدوج وقد يكون السبب هو انتاج انزيم البيتا لاكتاميز AmpCمن قبل جميع العزلات المُختبرة والذي قد يعيق أو حتى يُخفي الكشف عن انزيماتESBL باستخدام طرق النمط الظاهرية وهكذا يجب تضمين اكتشافAmpCفي اختبار الحساسية الروتيني للمضادات الحيوية لبكتيريا الزائفة الزنجارية. اما تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد فلقد نجح في الكشف عن جينات ESBLالمستهدفة. الكلمات الدالة: بكتيريا الزائفة الزنجارية المنتجة لانزيمات ESBL، اختبار تآزر القرص المزدوج، تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد، blaCTX-M، blaSHV، blaTEM، جينAmpC، الكوليستين، والأميكاسين، والجينتامايسين. | ar |
| dc.identifier.uri | https://dspace.alquds.edu/handle/20.500.12213/7608 | |
| dc.language.iso | en_US | |
| dc.publisher | Al-Quds University | en |
| dc.title | Detection of Extended-Spectrum Beta-Lactamases (ESBL) production in Pseudomonas aeruginosa from various clinical samples. | en |
| dc.title | الكشف عن انتاج (Extended-Spectrum Beta-Lactamases (ESBL بين بكتيريا الزائفة الزنجارية المعزولة من العينات السريرية المختلفة | ar |
| dc.type | Thesis | |
| dcterms.abstract | Background: Beta Lactamases (β- Lactamases) production is the most common observed bacterial resistance mechanism in many genera of Enterobacteriaceae. These enzymes are encoded by chromosomal genes or genes located on mobile elements. Reporting of Extended Spectrum Beta Lactamase (ESBL) - producing Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) has been increasing recently and they are acquired either from hospitals or from communities. Aim: The main aim of this study was to detect the prevalence of ESBL-producing P. aeruginosa isolated from different clinical samples taken from Palestinian hospitals in the West Bank region. This was done by using the phenotypic double disk synergy test (DDST) and multiplex polymerase chain reaction (PCR) assay. Methodology: A total of 163 bacterial isolates were collected from five hospitals in West Bank, Palestine including Bethlehem Arab Society for Rehabilitation hospital/ Beit Jala, Beit Jala Governmental Hospital/ Beit Jala, Al-Istishari Al Arabi Hospital/ Ramallah, Al-Ahli Hospital/ Hebron and Al-Makased Islamic Hospital/ Jerusalem. These isolates were identified as P. aeruginosa based on colony morphology and by using confirmatory biochemical tests. The DDST was applied for the detection of ESBL-producing isolates. Additionally, screening for AmpC β-lactamase production was done followed by multiplex PCR to detect the occurrence of blaCTX-M, blaSHV and blaTEM genes. Result: Of the 163 isolates obtained, 131 P. aeruginosa isolates were included in the study and tested using DDST, screened for AmpC production and tested by multiplex PCR. When DDST was used, none of the isolates showed a difference of ≥ 5 mm between the zone of diameter of cefotaxime/clavulanic acid and that of cefotaxime alone. However, all isolates were identified as AmpC producers using AmpC screening method. When multiplex PCR was used, 66 isolates (50.38%) harbored at least one ESBL gene. BlaCTX-M gene was the most common among the isolates either produced alone (59.1%) or in combination with blaSHV gene (37.88%). blaTEM gene was the least detected; alone in none of the isolates but only in one isolate with blaSHV gene. However, the combination of the three genes was not detected in any of the isolates. P. aeruginosa ESBL-producing isolates taken from inpatients were more than those from outpatients. Furthermore, isolates from the surgical wards and sputum samples were the majority. Colistin-Sulphate (COL), Amikacin (AK) and Gentamicin (GENT) were the most effective treatments against infections caused by ESBL-producing P. aeruginosa isolates as 100%, 91.9% and 89.18% of ESBL-producing isolates were susceptible to these antibiotics respectively. Conclusion: The study finding clearly suggest that the rate of ESBL-production by P. aeruginosa isolates is increasing and considered an important cause of healthcare associated infection. None of the isolates were detected by DDST; the reason could be due to the production of AmpC β-lactamases by all isolates tested which may obstruct or even conceal the detection of ESBL by phenotypic methods and so, AmpC detection should be included in the routine antibiotic susceptibility testing for P. aeroginosa isolates. Multiplex PCR assay was successful in detecting the targeted ESBL genes. Keywords: ESBL-producing P. aeruginosa, DDST, multiplex PCR, blaCTX-M, blaSHV, blaTEM, AmpC gene, Colistin-Sulphate (COL), Amikacin (AK) and Gentamicin (GENT). | en |